Năm 1959, nhận định chính quyền VNCH sẽ chiếm đảo, một đơn vị của Quân khu 4 đã ra giữ đảo vào ngày 08/8/1959; cho đến năm 2002 Cồn Cỏ là đảo Quân sự. Đây là thời kỳ cán bộ chiến sỹ đảo Cồn Cỏ vừa làm nhiệm vụ xây dựng Đảo vừa chiến đấu và chiến đấu thắng lợi, lập nhiều chiến công lớn.
Với quan điểm mạnh lên từ biển, giàu lên từ biển, xuất phát từ những lợi thế cơ bản: Đảo có hệ sinh thái với những bãi biển đẹp, môi trường hoang sơ và được bảo vệ tốt, có tiềm năng phát triển du lịch; Cồn Cỏ nằm án ngữ cửa Vịnh Bắc bộ có vị trí rất quan trọng trong việc bảo vệ chủ quyền biển đảo Tổ quốc; đảo nằm giữa ngư trường Con hổ gần 9.000km2 với nhiều loài hải sản có trữ lượng khá. Với tiềm năng, lợi thế và chiến lược an ninh quốc phòng trong tình hình mới, ngày 01/10/2004 Chính phủ đã ban hành Nghị định 174/2004/NĐ-CP về việc thành lập huyện đảo Cồn Cỏ - Đơn vị hành chính thứ 10 của tỉnh Quảng Trị. 
Với định hướng xây dựng Cồn Cỏ thành đảo du lịch – đảo tiền tiêu của Tổ quốc, với một vùng đất diện tích không lớn, dân số không đông… nhưng việc thành lập một đơn vị hành chính cấp huyện và đặc biệt là kết quả 17 năm xây dựng và phát triển huyện đảo cho thấy đây là một chủ trương đúng đắn của Đảng, nhà nước trong chiến lược xây dựng và bảo vệ Tổ quốc nói chung cũng như xây dựng và bảo vệ chủ quyền biển đảo của Tổ quốc nói riêng.
Được thành lập từ một đảo thuần về quân sự, thời gian chưa dài trong điều kiện biển đảo còn khó khăn, đặc thù… Tuy nhiên, với sự giúp đở của TW, Tỉnh và bạn bè gần xa và đặc biệt là sự nỗ lực vượt khó của Đảng bộ, quân và dân trên đảo,  huyện đảo Cồn Cỏ đã có bước phát triển trên tất cả các lĩnh vực.

Trước hết, đó là hệ thống chính trị của huyện tinh gọn, mang tính đặc thù, từng bước được củng cố và hoạt động có hiệu quả, công tác xây dựng Đảng được chú trọng trên các mặt công tác chính trị, tư tưởng, tổ chức, dân vận, kiểm tra, giám sát; công tác phát triển tổ chức cơ sở đảng và đảng viên được quan tâm thực hiện; vai trò Đảng lãnh đạo toàn diện và cụ thể trên tất cả các lĩnh vực của đời sống xã hội được phát huy từ huyện đến cơ sở. Đảng bộ đoàn kết, sáng tạo, nhất trí một lòng, nhân dân đồng thuận, tin tưởng vào sự lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành của cấp ủy, chính quyền địa phương, ủng hộ, hưởng ứng thực hiện các chủ trương, chính sách tạo nên sức mạnh tổng hợp từng bước xây dựng Huyện đảo Cồn Cỏ ngày càng phát triển.
Hai là: Coi trọng và sớm hoàn thiện quy hoạch tổng thể, quy hoạch xây dựng, quy hoạch du lịch và các quy hoạch ngành, lĩnh vực. Với định hướng cơ cấu: Du lịch – Dịch vụ - Thủy sản - Nông lâm nghiệp; trong 17 năm qua, Trung ương, Tỉnh, Huyện tập trung xây dựng cơ sở hạ tầng, trước hết là cơ sở hạ tầng thiết yếu phụ vụ dân sinh, hoạt động của các cơ quan nhà nước, của LLVT, bảo vệ cảnh quan, môi trường của đảo. Với số vốn hơn 1.000 tỷ đồng nhiều công trình thiếu yếu được đầu tư như: cảng cá, khu dịch vụ hậu cần nghề cá, kè chống xói lở bảo vệ đảo, hệ thống điện, nước, giao thông, tàu công vụ…; công tác bảo vệ tài nguyên môi trường sinh thái được tăng cường.
Ba là, Văn hoá xã hội được coi trọng, các thiết chế văn hoá được hình thành: Nhà văn hoá, Trung tâm thể dục thể thao, Trung tâm quân dân y, hệ thống thông tin liên lạc, Đài truyền thanh truyền hình, Lớp mầm non. Cùng với việc xây dựng đời sống văn hóa các hoạt động văn hoá văn nghệ, thể dục thể thao được tổ chức thường xuyên đã phần nào đáp ứng nhu cầu tinh thần cho cán bộ, chiến sỹ và nhân dân nơi đảo xa.

Bốn là: Khu vực phòng thủ ngày càng được củng cố vững chắc. Tinh thần cảnh giác cách mạng được nâng lên. Phát huy truyền thống, các lực lượng vũ trang trên địa bàn làm tốt công tác giáo dục lý luận chính trị, huấn luyện sẳn sàng chiến đấu, trực chiến, trực phòng không; thực hành bảo dưỡng, nâng cấp hệ thống hầm hào, công sự, trận địa, trang bị vũ khí; tăng gia sản xuất, nâng cao đời sống cho bộ đội. Phối hợp tuần tra, phòng chống bão lụt, cháy nổ, tìm kiếm cứu nạn, tổ chức hội thi, hội thao, diễn tập đạt kết quả tốt. ANCT, TTATXH trên đảo, trên biển được giữ vững. Từ ngày thành lập đến nay, huyện đảo không có tội phạm hình sự, không có tệ nạn, không có đơn thư khiếu kiện, khiếu nại, tố cáo. Môi trường chính trị, văn hoá – xã hội lành mạnh và bình yên.
Những kết quả đạt được qua 17 năm kể từ ngày thành lập là đáng trân trọng, ghi nhận và trân trọng, tự hào hơn khi đặt nó trong một ngữ cảnh của huyện đặc thù, nhiều khó khăn, bị chi phối bởi yêu tố thời tiết ngày càng mang tính cực đoan, dịch bệnh biến phức tạp, khó lường.
Bước sang tuổi 18, tuổi đánh dấu bước trưởng thành của mỗi con người; đối với Cồn Cỏ, bên cạnh những thời cơ, lợi thế phát triển; khó khăn, thách thức mang tính đặc thù vẫn là cản trở lớn đối với sự phát triển của huyện đảo Cồn Cỏ; cơ sở hạ tầng phát triển kinh tế, xã hội còn thiếu đồng bộ; nhất là hạ tầng du lịch, dịch vụ, đánh bắt thủy hải sản...; cơ chế thu hút đầu từ phát triển vẫn còn là bài toán khó giải quyết; lao động, việc làm cho người dân thiếu tính ổn định... 

Với mục tiêu cho nhiệm kỳ tới đã được Đảng bộ huyện xác định, đó là tiếp tục nâng cao năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của các cấp ủy đảng; xây dựng hệ thống chính trị, chính quyền trong sạch, vững mạnh, hiệu lực, hiệu quả, năng động, sáng tạo; phát huy sức mạnh khối đại đoàn kết toàn dân tạo đột phá trong phát triển kinh tế, xã hội mà trọng tâm là lĩnh vực dịch vụ - du lịch - thủy sản; bảo vệ tài nguyên, giữ gìn môi trường; tiếp tục nâng cao đời sống vật chất và tinh thần của cán bộ, chiến sỹ và nhân dân. Giữ vững an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội, xây dựng thế trận quốc phòng toàn dân, khu vực phòng thủ ngày càng vững chắc.
Tin chắc rằng với sự quan tâm của Trung ương, của Tỉnh và cùng sự nổ lực lực, đoàn kết quyết tâm cao của Đảng bộ, chính quyền, quân và dân trên đảo con tàu Cồn Cỏ sẽ chở đầy hoa thắng lợi, sẽ là "Hòn ngọc", là điểm đến của du khách gần xa. Cồn Cỏ sẽ là đảo văn hóa – đảo du lịch – đảo an toàn nơi của ngõ tiền tiêu của Vịnh Bắc Bộ.