Bên cạnh các kết quả đạt được, việc đổi mới nội dung, phương thức lãnh đạo của cấp ủy các TCCS Đảng và nâng cao chất lượng sinh hoạt chi bộ còn có một số hạn chế nhất định, đó là: Vai trò lãnh đạo và tính chiến đấu của một số TCCS Đảng có thời điểm chưa được thể hiện rõ nét; tự phê bình và phê bình của một số cán bộ, đảng viên chưa cao; công tác giáo dục chính trị, tư tưởng đối với cán bộ, đảng viên có thời điểm chưa được quan tâm đúng mức; chế độ sinh hoạt định kỳ của chi bộ có thời điểm chưa đảm bảo về thời gian, nội dung sinh hoạt ở một số chi bộ thiếu hấp dẫn, nặng về thông báo tình hình, chưa sát với thực tiễn; việc đấu tranh với những biểu hiện suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống của đảng viên còn ở chừng mực nhất định.
      Nguyên nhân của hạn chế, khuyết điểm nêu trên là do có thời điểm một số cấp ủy, TCCS Đảng và đảng viên chưa nhận thức đầy đủ ý nghĩa, tầm quan trọng của việc thường xuyên đổi mới nội dung, phương thức lãnh đạo và nâng cao chất lượng sinh hoạt chi bộ; phương pháp tổ chức sinh hoạt chi bộ của một số đồng chí bí thư các TCCS Đảng về công tác xây dựng Đảng còn hạn chế; việc xử lý chi bộ, đảng viên vi phạm chế độ sinh hoạt đảng chưa nghiêm; bên cạnh các nguyên nhân chủ quan đó còn có nguyên nhân khách quan đó là đảng viên ở các chi bộ có thời điểm phân tán, công tác ở nhiều phòng, ban chuyên môn khác nhau.
     Kết luận đã xác định 02 trục giải pháp chính:
     Thứ nhất: Về đổi mới nội dung, phương thức lãnh đạo của tổ chức cơ sở Đảng
     - Cải tiến lề lối làm việc của cấp ủy, việc xây dựng, ban hành các nghị quyết của đảng bộ, chi bộ bám sát và vận dụng sáng tạo các chủ trương, nghị quyết của cấp trên và tình hình cụ thể của cơ quan, đơn vị; Ban hành quy chế làm việc khoa học, dân chủ; phát huy vai trò tính tiền phong gương mẫu của người đứng đầu cấp ủy.
    - Tăng cường giáo dục chính trị, đạo đức, lối sống đối với cán bộ, đảng viên; tập trung lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ chính trị của các TCCS Đảng, nhất là đối với các mục tiêu, nhiệm vụ trọng tâm gắn với việc giải quyết kịp thời những vấn đề vướng mắc tại cơ sở; đẩy mạnh nắm bắt tâm tư, nguyện vọng của đảng viên và quần chúng Nhân dân; chủ động đấu tranh phản bác các quan điểm sai trái, thù địch trên môi trường không gian mạng; thực hiện nghiêm quy trình nhận xét, đánh giá, quy hoạch, bổ nhiệm cán bộ công khai, minh bạch, lấy hiệu quả công việc và uy tín với quần chúng Nhân dân làm thước đo trong nhận xét, đánh giá, phân loại và sắp xếp, bố trí, sử dụng cán bộ.
     - Phát huy trí tuệ tập thể, đề cao trách nhiệm cá nhân, nhất là người đứng đầu, các vấn đề quan trọng của TCCS Đảng phải dựa trên nghị quyết, kết luận của tập thể cấp ủy, chi bộ; 
     - Đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong sinh hoạt cấp ủy, sinh hoạt chi bộ, quản lý đảng viên và trong công tác lãnh đạo, chỉ đạo điều hành; cấp ủy các TCCS Đảng lãnh đạo bằng chủ trương, định hướng, nghị quyết; phân công đảng viên gương mẫu đi đầu thực hiện. 
    - Đổi mới phương pháp kiểm tra, giám sát có trọng tâm, trọng điểm, kịp thời phát hiện, uốn nắn sai sót và kiên quyết xử lý nghiêm các vi phạm (nếu có).
      Thứ 2. Về nâng cao chất lượng sinh hoạt chi bộ
      - Tiếp tục quán triệt sâu sắc Nghị quyết Đại hội XIV của Đảng và Chỉ thị số 50-CT/TW ngày 23/7/2025 của Ban Bí thư về tiếp tục đổi mới và nâng cao chất lượng sinh hoạt chi bộ trong giai đoạn mới và các kế hoạch, hướng dẫn của cấp có thẩm quyền; đẩy mạnh tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức cho cấp ủy, đảng viên về vị trí, vai trò của chi bộ, về ý nghĩa, tầm quan trọng của việc duy trì, nâng cao chất lượng sinh hoạt chi bộ, góp phần nâng cao năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của tổ chức cơ sở đảng và đội ngũ cán bộ, đảng viên, góp phần ngăn chặn, đẩy lùi sự suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, những biểu hiện "tự diễn biến", "tự chuyển hóa" trong nội bộ.
     - Thường xuyên củng cố, kiện toàn, nâng cao chất lượng cấp ủy viên; đẩy mạnh việc tạo nguồn và phát triển đảng viên mới. Từng bước đổi mới nội dung, phương pháp bồi dưỡng, tập huấn nghiệp vụ công tác đảng, kỹ năng tổ chức sinh hoạt chi bộ đối với đội ngũ bí thư chi bộ. Quy định rõ trách nhiệm của đảng viên trong việc chấp hành chế độ sinh hoạt đảng và thực hiện nhiệm vụ được chi bộ phân công; trách nhiệm của chi ủy, bí thư chi bộ trong việc duy trì và nâng cao chất lượng sinh hoạt chi bộ. Chú trọng công tác tổng kết, rút kinh nghiệm và nhân rộng những mô hình sinh hoạt chi bộ tốt.
       - Tiếp tục phân công các đồng chí ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy, ủy viên Ban Chấp hành Đảng bộ, cán bộ, công chức các cơ quan tham mưu, giúp việc Đảng ủy phụ trách dự, theo dõi, hướng dẫn sinh hoạt ở các chi bộ trực thuộc.
       - Hàng năm, định hướng nội dung sinh hoạt chuyên đề đối với các chi bộ theo hướng dẫn của cấp có thẩm quyền và phù hợp với đặc điểm tình hình của chi bộ; đưa nội dung tự phê bình và phê bình và việc học tập, làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh vào sinh hoạt định kỳ của chi bộ. Cung cấp đầy đủ, kịp thời tài liệu sinh hoạt chi bộ hằng tháng; định hướng nội dung sinh hoạt phù hợp yêu cầu, nhiệm vụ chính trị của cơ quan, đơn vị.
      - Kịp thời rà soát, điều chỉnh, bổ sung các tiêu chí đánh giá chất lượng sinh hoạt chi bộ phù hợp, làm cơ sở để các chi bộ phấn đấu; xác định rõ việc chấp hành chế độ sinh hoạt và nâng cao chất lượng sinh hoạt của chi bộ là tiêu chí đánh giá, phân loại chất lượng chi bộ, đảng viên hằng năm.
      - Thường xuyên chỉ đạo sơ kết, tổng kết, đánh giá kết quả thực hiện để bổ sung các nhiệm vụ, giải pháp về nâng cao chất lượng sinh hoạt chi bộ.
      Việc ban hành các kết luận đổi mới nội dung, phương thức lãnh đạo của tổ chức cơ sở Đảng; nâng cao chất lượng sinh hoạt chi bộ có ý nghĩa quyết định, then chốt đối với công tác xây dựng, chỉnh đốn Đảng, xây dựng Đảng bộ đặc khu trong sạch, vững mạnh.