Trung tâm Y tế Quân Dân y đặc khu Cồn Cỏ được thành lập theo Quyết định số 2139/QĐ-UBND ngày 06/10/2015 của UBND tỉnh Quảng Trị. Đây không chỉ là bước đi chiến lược của ngành y tế tỉnh nhà trong việc nâng cao chất lượng chăm sóc sức khỏe vùng biển đảo, mà còn thể hiện sự quan tâm sâu sắc của Đảng, Nhà nước và chính quyền địa phương đối với sự nghiệp y tế nơi biên cương Tổ quốc. Trong điều kiện địa lý biệt lập, thời tiết khắc nghiệt, cơ sở vật chất còn nhiều hạn chế. Tập thể cán bộ, đảng viên, viên chức Trung tâm luôn đoàn kết, nỗ lực, không ngại khó khăn gian khổ, từng bước khẳng định vai trò là lực lượng xung kích trong sự nghiệp chăm sóc sức khỏe nhân dân và giữ gìn chủ quyền biển đảo.
    Trung bình mỗi năm, Trung tâm tiếp nhận và điều trị trên 400 lượt bệnh nhân là cán bộ, chiến sĩ, ngư dân và nhân dân trên đảo. Công tác trực cấp cứu được đảm bảo 24/24, nhiều trường hợp bệnh nặng, nguy kịch như đột quỵ, đuối nước hay tai nạn lao động đã được cấp cứu thành công ngay tại chỗ, giúp bảo toàn tính mạng cho người bệnh trong điều kiện xa đất liền. Đặc biệt, năm 2021, Trung tâm phối hợp với Bệnh viện Đa khoa tỉnh Quảng Trị thực hiện thành công ca mổ viêm ruột thừa ngay trên đảo – một bước tiến quan trọng khẳng định năng lực chuyên môn ngày càng được nâng cao, mở ra khả năng xử lý các ca ngoại khoa khẩn cấp ngay tại chỗ, giảm thiểu rủi ro do chuyển tuyến chậm trễ. Trong cao điểm đại dịch COVID-19, Trung tâm chính là lực lượng tuyến đầu trong công tác phòng, chống dịch, từ truy vết, xét nghiệm, cách ly đến phối hợp tổ chức tiêm chủng. Tỷ lệ tiêm vắc-xin đạt 100%, chương trình Tiêm chủng mở rộng cũng luôn được triển khai hiệu quả, nhiều năm liền đạt tỷ lệ trên 98%. Công tác giám sát dịch tễ được duy trì chặt chẽ, phối hợp tốt với Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh, các đơn vị quân dân y trên đảo nhằm chủ động ứng phó với mọi nguy cơ dịch bệnh truyền nhiễm, đặc biệt trong môi trường khí hậu, thời tiết nhiều biến động như ở đảo. 
    Trong những năm gần đây Trung tâm luôn nhận được sự quan tâm sâu sắc từ Trung ương và tỉnh, đặc biệt năm 2024 trong chuyến thăm và làm việc tại đảo, Tổng Bí thư Tô Lâm đã trực tiếp trao tặng 7 tỷ đồng để nâng cấp trang thiết bị y tế, bao gồm các hệ thống hiện đại như máy X-quang kỹ thuật số, máy siêu âm Doppler màu, và thiết bị cấp cứu chuyên sâu, góp phần nâng cao năng lực chẩn đoán và xử lý kịp thời các tình huống y tế khẩn cấp. 
    Phát biểu tại buổi lễ, Đồng chí Nguyễn Xuân Dũng, Phó Giám đốc Sở Y tế, đã nhấn mạnh: "Mười năm qua, trên vùng đảo đầu sóng ngọn gió, các cán bộ y tế đã viết nên câu chuyện đẹp về y đức và tinh thần vượt khó. Tin tưởng rằng, Trung tâm sẽ tiếp tục vươn lên, trở thành điểm sáng của y tế Quảng Trị và y tế biển đảo Việt Nam.
    Nhân dịp này, Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Trị đã tặng Bằng khen cho Tập thể Trung tâm Y tế Quân Dân y đặc khu Cồn Cỏ và cá nhân ông Lê Văn Danh, Giám đốc Trung tâm y tế Quân dân y; Giám đốc Sở Y tế đã tặng Giấy khen cho 4 cá nhân; UBND đặc khu Cồn Cỏ tặng giấy khen 4 cá nhân đã có nhiều thành tích xuất sắc trong công tác chăm sóc, bảo vệ sức khoẻ cho Nhân dân trên địa bàn đặc khu Cồn Cỏ.