Ngày đầu mới thành lập, đứng trước nhiều khó khăn thử thách, nhưng Ban chỉ huy đồn đã chú trọng công tác giáo dục chính trị, tư tưởng; kịp thời động viên cán bộ chiến sĩ an tâm công tác, xây dựng đơn vị. Mặc dù điều kiện vật chất phục vụ sinh hoạt còn thiếu thốn nhưng cán bộ, chiến sĩ luôn nêu cao tinh thần khắc phục gian khó, hoàn thành nhiệm vụ được giao. Hoạt động của đơn vị dần đi vào nền nếp, doanh trại ngày càng được củng cố, công tác tăng gia sản xuất được đẩy mạnh. Vừa xây dựng cảnh quan, đơn vị vừa thực hiện tốt nhiệm vụ chính trị quản lý bảo vệ biên giới quốc gia và trật tự an toàn xã hội trên địa bàn được phân công phụ trách. Thực hiện vai trò nòng cốt trong quản lý, bảo vệ chủ quyền lãnh thổ, an ninh biên giới quốc gia trên biển.
Trong thực hiện nhiệm vụ, Đồn Biên phòng Cồn Cỏ một mặt đi sâu tuyên truyền, vận động nhân dân chấp hành tốt các chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước, mặt khác chủ động xây dựng kế hoạch, triển khai công tác quản lý, bảo vệ biên giới, nắm chắc tình hình, không để bị động, bất ngờ. Trong đó, đẩy mạnh tuần tra, kiểm soát bảo vệ chủ quyền an ninh vùng biển đảo, phát hiện, đấu tranh, ngăn chặn kịp thời các hoạt động xâm phạm chủ quyền, đánh bắt hải sản trái phép của các tàu cá nước ngoài.
Trong xây dựng cơ sở chính trị, Đồn đã quan hệ chặt chẽ với cấp ủy, chính quyền địa phương. Tham mưu tích cực cho lãnh đạo chính quyền địa phương thành lập 01 tổ tự quản tàu thuyền an toàn và 01 tổ an ninh trật tự làm cơ sở giữ vững ổn định chính trị, trật tự an toàn xã hội trên địa bàn. Thường xuyên phối hợp chặt chẽ với các lực lượng hiệp đồng như Ban CHQS huyện, Công an huyện, Trạm Rada 540 Hải quân nắm chắc tình hình, tổ chức kiểm soát trên biển và trên đảo; bảo vệ các ngày lễ, tết và các sự kiện diễn ra trên địa bàn.

Công tác huấn luyện được coi trọng, hằng năm, đơn vị đã chủ động quán triệt, triển khai kế hoạch đầy đủ huấn luyện cho toàn đơn vị; chuẩn bị đầy đủ giáo án, tài liệu, xây dựng hệ thống sân bãi. Cấp ủy chi bộ ra nghị quyết chuyên đề lãnh đạo công tác huấn luyện theo phương châm “thiết thực, cơ bản, vững chắc”. Hoàn thành nội dung của chương trình huấn luyện, tranh thủ mọi nơi, mọi lúc, mọi thời gian, địa hình, thời tiết để huấn luyện chiến sĩ, giữ nghiêm kỷ luật huấn luyện, đảm bảo an toàn tuyệt đối nhằm không ngừng nâng cao trình độ chính trị, quân sự, nghiệp vụ. Qua kiểm tra đánh giá chất lượng kết quả hằng năm đều đạt 100% yêu câu, có từ 80 – 90% khá giỏi, quân số tham gia huấn luyện hằng năm đạt 98%.
Trên mặt trận đấu tranh phòng chống tội phạm bảo vệ chủ quyền lãnh thổ, an ninh biên giới quốc gia trên biển, cán bộ, chiến sĩ đã ngày đêm bám địa bàn, bám đối tượng, nêu cao tinh thần trách nhiệm, ý thức cảnh giác, mưu trí, dũng cảm, phối hợp hiệp đồng chặt chẽ trong công tác nắm và xử lý tình hình, vụ việc. Công tác đấu tranh phòng chống tội phạm đã góp phần quan trọng giữ vững ổn định chính trị, trật tự an toàn xã hội ở khu vực biên giới quốc gia trên biển. Cụ thể, trong những năm qua, Đồn Biên phòng Cồn Cỏ đã phối hợp điều tra, xác minh làm rõ 37 vụ vi phạm pháp luật, xử lý VPHC 27 đối tượng, phạt 300 triệu đồng. Thông tin liên lạc cho trên 5.603 lượt phương tiện có 11.989 lượt ngư dân tránh bão, áp thấp nhiệt đới, neo đậu an toàn. Tổ chức di dời trên 500 lượt người dân từ các vùng có nguy cơ ảnh hưởng bão vào những nơi an toàn, tổ chức hơn 600 lượt cán bộ, chiến sĩ giúp dân khắc phục hậu quả lốc xoáy, mưa bão.... Trao tặng cho người dân, ngư dân 85 phao tròn, 86 áo phao, 55 lá cờ Tổ quốc, trên 1000 tờ rơi tuyên truyền chủ quyền biển đảo và phòng chống dịch Covid-19.
Kêu gọi tàu thuyền và lao động, làm ăn trên biển vào âu đảo trú ẩn an toàn khi có các cơn bão, ATNĐ đổ bộ vào khu vực địa bàn; CBCS tham gia chằng chống nhà cửa, neo đậu tàu thuyền. Lực lượng ngư dân trên đã phối hợp với đồn Biên phòng Cần Cỏ và các lực lượng khác tham gia cứu hộ, cứu nạn với tinh thần quyết tâm giảm thiểu thấp nhất thiệt hại về người và tài sản.
Bên cạnh đó, công tác chăm sóc sức khỏe cho CBCS và nhân dân trên địa bàn được duy trì tốt đảm bảo quân số khỏe đạt 99,5%. Quân y đơn vị phối hợp với Trung tâm Y tế thực hiện chương trình quân dân y kết hợp; Tuyên truyền vệ sinh phòng chống dịch bệnh cho nhân dân trên địa bàn huyện. Kịp thời giúp các ngư dân gặp thiên tai về lương thực, thuốc men chữa bệnh, góp phần cũng cố niềm tin yêu của nhân dân đối với người lính mang quân hàm xanh
Công tác vận động quần chúng được xác định là cơ bản, hàng đầu. Đồn đã chủ động phối hợp chính quyền địa phương và các đơn vị đứng chân trên địa bàn tăng cường tuyên truyền, giáo dục bà con ngư dân chấp hành nghiêm các quy định của pháp luật, nâng cao ý thức giữ gìn môi trường, tài nguyên thiên nhiên biển, đảo; vận động nhân dân tích cực tham gia bảo vệ chủ quyền biển đảo, đấu tranh, chăn ngặn và tố giác các hành vi vi phạm pháp luật. Cùng với đó, hàng tuần, đơn vị tổ chức các đội tuần tra trên biển, lên các tàu cá của ngư dân, hỏi thăm tình hình đánh bắt thủy sản, vận động ngư dân chấp hành các quy định của pháp luật về biển, hướng dẫn ngư dân không dung các vật liệu, ngư cụ cấm để đánh bắt hải sản…
Để thực hiện nhiều chương trình nhân đạo ý nghĩa, Đơn vị đã nhận đỡ đầu theo chương trình “Nâng bước em đến trường” cho 2 em học sinh với số tiền 500.000 đồng/tháng và đỡ đầu 2 cháu với số tiền 200.000 đồng/tháng trong mô hình “Con nuôi đồn Biên phòng”. Ngoài ra các chiến sĩ quân hàm xanh còn thường xuyên thăm, tặng quà cho các gia đình chính sách do đơn vị đỡ đầu trị giá 2.000.000 đồng; kêu gọi các tổ chức, cá nhân hỗ trợ con giống, vật nuôi, bồn đựng nước cho các đơn vị, hộ dân trên đảo trị giá gần 100 triệu đồng...
Trong công tác xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện, đã làm tốt việc giáo dục cho cán bộ, chiến sĩ nâng cao nhận thức về chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước, nâng cao bản lĩnh chính trị vững vàng trước mọi thử thách, luôn coi trọng giáo dục truyền thống quân đội, truyền thống của lực lượng và đơn vị. Nhờ vậy nhận thức của cán bộ, chiến sĩ không ngừng được củng cố nâng cao, đơn vị ngày càng chính quy, vững mạnh toàn diện. 
Các hoạt động văn hóa thể thao thường xuyên duy trì. Đơn vị thường xuyên tham gia giao lưu văn hóa, văn nghệ, TDTT với các đơn vị đứng chân trên đảo, tạo nên đời sống tinh thần vui tươi, lành mạnh.
  Quá trình xây dựng và trưởng thành, với những kết quả đạt được, tập thể Đảng ủy, cán bộ, chiến sĩ đơn vị đã được Tỉnh uỷ Quảng Trị, Bộ Tư lệnh Bộ đội Biên phòng, Bộ Chỉ huy Biên phòng tỉnh tặng nhiều bằng khen, giấy khen, 04 lần đạt danh hiệu “Đơn vị quyết thắng. Nhiều cán bộ, chiến sĩ đạt danh hiệu chiến sĩ thi đua, được UBND tỉnh, Bộ Chỉ huy Biên phòng tỉnh tặng bằng khen. 
Trải qua 25 năm xây dựng, trưởng thành, các thế hệ cán bộ, chiến sĩ Đồn Biên phòng Cồn Cỏ luôn phát huy truyền thống cách mạng, vượt qua mọi khó khan, gian khổ, nổ lực phấn đấu vì sự bình yên, ấm no, hạnh phúc của nhân dân, bảo vệ vững chắc hòn đảo than yêu của tổ quốc.