Theo kết quả nghiên cứu, vùng biển Cồn Cỏ có 207 loài cá của 120 giống thuộc 69 họ, 57 loài rong cỏ biển, 67 loài động vật đáy, 19 loài giáp xác,164 loài thực vật phù du, 68 loài/nhóm động vật phù du trong vùng biển đảo. Tổng trữ lượng nguồn hải sản vùng biển đảo Cồn Cỏ ước tính đạt khoảng 60.000 tấn/năm, trong đó có nhiều loài hải sản quý hiếm, có giá trị kinh tế cao như: Rùa biển, tôm hùm, ghẹ, hải sâm, vẹm xanh, điệp, cá thu, cá mú, cá chim trắng, cá hải quỳ, ốc đụn, ốc gai, ốc vú nàng, hải sâm, sao biển, cầu gai… Đặc biệt, ngành thủy sản đã phát hiện đáy biển Cồn Cỏ là một trong những vùng biển có rặng san hô tốt nhất đã được khảo sát tại Việt Nam. Theo thống kê khảo sát, hiện san hô đảo Cồn Cỏ có tới 113 loài, 42 giống, 15 họ, trong đó, có có nhiều loài san hô quý, hiếm như san hô đen, san hô đỏ, san hô sừng, san hô cành, san hô tấm…..
Với sự đa dạng, phong phú về nguồn tài nguyên biển nên ngư trường Cồn Cỏ là một trong những ngư trường rộng lớn cho việc khai thác, đánh bắt thuỷ hải sản của ngư dân các tỉnh miền Trung như khai thác cá cơm bằng nghề pha xúc, lưới vây rút chì kết hợp ánh sáng; khai thác mực nang, mực lá bằng lưới rê ba lớp; nghề câu cá thu, cá mú, cá hồng; khai thác các loại ốc bằng nghề lặn; nghề lưới rê, lưới rê bùng nhùng, nghề lưới kéo kết hợp điện khai thác cá…
Nhằm duy trì và bảo vệ tài nguyên biển, bảo vệ đa dạng sinh học, bảo vệ môi trường, phát triển kinh tế và du lịch sinh thái, quản lý và sử dụng bền vững nguồn lợi hải sản” khu vực đảo Cồn Cỏ, ngày 14/10/2009 UBND tỉnh đã ban hanh quyết định số 2090/QĐ-UBND về thành lập khu bảo tồn biển Cồn Cỏ với tổng diện tích của KBT là 4.532 ha. Trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ được giao, BQL khu bảo tồn đã thực hiện việc khoanh vùng khu bảo tồn biển Cồn Cỏ thành 3 phân khu: phân khu bảo vệ nghiêm ngặt, phân khu phục hồi sinh thái và phân khu phát triển, quy định các hình thức xử phạt vi phạm hành chính trơng từng phân khu nhằm bảo tồn các hệ sinh thái; Hàng năm tổ chức lắp đặt hệ thống phao dấu trong phân khu bảo vệ nghiêm ngặt để ngư dân biết không khai thác hải sản cũng như thả neo trên rạn san hô.

Đồng thời tổ chức ký kết quy chế phối hợp tuần tra với Chi cục Thuỷ sản Quảng Trị, Đồn biên phòng Cồn Cỏ, Công an huyện nhằm nâng cao hiệu quả công tác tuần tra, bảo vệ xung quanh khu bảo tồn. Thường xuyên tổ chức các đội tuần tra, giám sát, ngăn chặn vi phạm trong khu bảo tồn với tần suất mỗi ngày 2 chuyến xung quanh khu bảo tồn. Chỉ tính riêng trong quý I năm 2018, Ban Quản lý Khu bảo tồn biển Cồn Cỏ đã tổ chức phối hợp tuần tra tuyên truyền phát tờ rơi cho hơn 100 lượt tàu thuyền với khoảng 500 ngư dân biết được phạm vi khu bảo tồn biển, quy chế quản lý của khu bảo tồn, các nghề không được phép cũng như các nghề được phép khai thác trong từng phân khu thuộc phạm vi khu bảo tồn biển, hướng dẫn nhân dân neo đậu tàu thuyền đúng nơi quy định...
Hàng năm, BQL khu bảo tồn phối hợp với các ngành chức năng của huyện đảo tăng cường công tác tuyên truyền nâng cao nhận thức cho cán bộ, chiến sĩ, nhân dân và ngư dân về các quy định của pháp luật trong việc khai thác đánh bắt thuỷ hải sản. Tổ chức các lớp tập huấn về công tác bảo tồn biển, bảo tồn rùa biển cho nhân dân trên địa bàn; Xây dựng các cụm pa nô, áp phích, in ấn phẩm, tờ rơi tuyên truyền nhằm nâng cao nhận thức cho nhân dân về bảo vệ tài nguyên biển; Về phía UBND huyện cũng đã có chính sách khen thưởng, động viên kịp thời cho các tập thể và cá nhân có thành tích trong phát hiện và xử lý các trường hợp vi phạm quy định về khai thác tài nguyên biển; Đồng thời đẩy mạnh công tác bảo vệ môi trường, tổ chức phát động phong trào làm sạch bờ biển nhằm  bảo vệ môi trường sống của các hệ sinh thái quanh đảo;
Tuy nhiên, trong thời gian gần đây, việc tàu cá của một số ngư dân bất chấp quy định không tiến hành đăng ký, đăng kiểm; sử dụng phương tiện khai thác mang tính hủy diệt mà không quan tâm đến lợi ích chung của cộng đồng như: khai thác thủy sản kích thước nhỏ, khai thác trong khu vực cấm, sử dụng mìn, bộc phá tự chế, súng điện... Cùng với đó tình trạng các loại tàu thuyền ở quanh đảo thả neo, neo đậu vào khu vực bảo tồn biển làm gãy các rạn san hô…Điều này đã khiến nguồn lợi thuỷ hải sản và môi trường sinh thái bị đe dọa nghiêm trọng.

Trong khi đó, các ngành chức năng huyện đảo cho biết: Công tác quản lý và bảo vệ nguồn lợi thủy sản của huyện gặp rất nhiều khó khăn, do tình trạng khai thác thuỷ sản bất chấp các quy định diễn ra ngày càng nhiều, các đối tượng khai thác bằng chất nổ, mìn rất liều lĩnh, manh động. Trong khi phương tiện phục vụ công tác tuần tra, kiểm soát trên biển còn thiếu. Hiện có 1 tàu của Ban Quản lý Khu bảo tồn biển làm nhiệm vụ tuần tra, kiểm soát trên biển, tuy nhiên tàu chỉ hoạt động được trong điều kiện thời tiết tốt. Vì vậy có những lúc phát hiện được các trường hợp vi phạm nhưng lại không có tàu tuần tra để xử lý. Bên cạnh đó công tác phối hợp giữa các lực lượng chức năng còn tồn tại nhiều bất cập như không phải lúc nào cũng có đủ lực lượng tham gia tuần tra, phát hiện vi phạm để xử lý…
Trước tình hình đó, thời gian tới, để công tác bảo vệ nguồn tài nguyên biển khu vực đảo Cồn Cỏ đạt hiệu quả cao hơn cần sự quan tâm, chỉ đạo sát sao của các ban, ngành cấp tỉnh, sự phối hợp chặt chẽ giữa các lực lượng chức năng nhằm thực hiện tốt quy chế phối hợp tuần tra, kiểm soát trên biển; đầu tư cơ sở vật chất, phương tiện kỹ thuật phục vụ công tác tuần tra, quản lý bảo tồn biển; Tăng cường tuyên truyền phổ biển các chủ trương, chính sách pháp luật của Nhà nước về bảo tồn biển, tạo sự đồng thuận thống nhất trong cộng đồng xã hội…thực hiện mục tiêu phát triển bền vững nguồn tài nguyên biển đảo Cồn Cỏ.

Tác giả bài viết: Thùy Trang